微山縣置縣于秦代，縣治設(shè)于夏鎮(zhèn)，始稱廣戚縣；西漢武帝元朔元年（前128），封劉將為廣戚侯。《山東通志·封建》曰：“廣戚侯劉將，魯共王子，武帝時(shí)封。”國(guó)都在今山東微山縣夏鎮(zhèn)街道，侯國(guó)封土為微山縣南部和滕縣南部的一部分區(qū)域，屬豫州管轄。劉將去世，子劉始嗣，元鼎五年（前112）坐酎金免。至南北朝時(shí)并入留縣，中華人民共和國(guó)成立后，為了統(tǒng)一管理微山湖于1949年設(shè)立湖區(qū)辦事處（駐夏鎮(zhèn)），1953年撤銷設(shè)立微山縣，因地處微山湖故名。
1953年經(jīng)政務(wù)院批準(zhǔn)，將山東、江蘇2省6縣4鎮(zhèn)302個(gè)村莊和4個(gè)水上漁民鄉(xiāng)劃為微山縣，并于同年10月建縣。因境內(nèi)微山湖而得名。孔子先人殷微子葬于此地山陵鳳凰臺(tái)，因稱微山。明代中期，微山周圍成湖，名之微山湖。
1984年8月，為了加強(qiáng)微山湖的統(tǒng)一治理，合理開(kāi)發(fā)利用湖區(qū)資源，將江蘇省沛縣的楊堂、孫莊、東明、西平、六營(yíng)、曹莊、王莊、大挖工莊、趙樓、趙廟、張莊、侶樓、龐孟慶、中挖工莊共14個(gè)自然村劃入微山縣（同時(shí)設(shè)立西平鄉(xiāng)、趙廟鄉(xiāng)）。
1996年，微山縣面積1677.3平方千米，人口65.7萬(wàn)人。轄5個(gè)鎮(zhèn)、13個(gè)鄉(xiāng)：夏鎮(zhèn)、歡城鎮(zhèn)、韓莊鎮(zhèn)、魯橋鎮(zhèn)、南陽(yáng)鎮(zhèn)、侯樓鄉(xiāng)、馬坡鄉(xiāng)、兩城鄉(xiāng)、留莊鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)、西平鄉(xiāng)、傅村鄉(xiāng)、趙廟鄉(xiāng)、昭陽(yáng)鄉(xiāng)、彭口閘鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)、塘湖鄉(xiāng)、微山島鄉(xiāng)。縣政府駐夏鎮(zhèn)。
1999年8月26日，撤銷傅村鄉(xiāng)，設(shè)立傅村鎮(zhèn)（魯政函民字[1999]23號(hào)）。1999年12月6日，撤銷留莊鄉(xiāng)，設(shè)立留莊鎮(zhèn)（魯政函民字[1999]34號(hào)）。至此，微山縣轄7個(gè)鎮(zhèn)、11個(gè)鄉(xiāng)。
2000年12月1日，山東省政府（魯政函民字[2000]74號(hào)）批準(zhǔn)：撤銷塘湖鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入韓莊鎮(zhèn)；撤銷彭口閘鄉(xiāng)、昭陽(yáng)鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入夏鎮(zhèn)；撤銷侯樓鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入魯橋鎮(zhèn)。至此，微山縣轄7個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：韓莊鎮(zhèn)、夏鎮(zhèn)、傅村鎮(zhèn)、歡城鎮(zhèn)、留莊鎮(zhèn)、魯橋鎮(zhèn)、南陽(yáng)鎮(zhèn)、微山島鄉(xiāng)、兩城鄉(xiāng)、馬坡鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)、西平鄉(xiāng)、趙廟鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)。
2004年1月2日，經(jīng)山東省政府同意，微山縣撤銷夏鎮(zhèn)，以原夏鎮(zhèn)的行政區(qū)域設(shè)立夏鎮(zhèn)街道辦事處和昭陽(yáng)街道辦事處。將原夏鎮(zhèn)的奎文、戚城、城后、磨擔(dān)街、謝橋、鹽當(dāng)、文昌、箭街、順河、月河、青年、南門(mén)口、泰山、李樓、殷莊、李堂、付樓、馬樓、周嶺、朱莊、大劉樓、黃橋、曹莊、沙河崖、青山、部城東、古樓、南門(mén)外、部城西、沙谷堆、西劉、辛莊、大官口、童莊、黃莊、后村、前村、朱道溝、東翁樓、小官口、石壩、西寨、李谷堆、鹿灣、薛莊、楊閘、周莊、陸莊、亓樓、白莊、建新、西八里屯、呂莊、馬莊、后鮑樓、后八里屯、嚴(yán)莊、前鮑樓、王莊、前八里屯、三里莊、賈莊、洛房、薛河頭等64個(gè)行政村劃歸夏鎮(zhèn)街道辦事處管轄，辦事處機(jī)關(guān)駐原夏鎮(zhèn)政府駐地；將原夏鎮(zhèn)的三孔橋、十村、三孔橋東、老壩、寨子、南莊東、南莊西、西樓、微濱、新建、愛(ài)湖、大捐、薛河、十字河、網(wǎng)廠、西萬(wàn)一、西萬(wàn)二、西萬(wàn)三、西萬(wàn)四、西萬(wàn)五、西萬(wàn)六、蔣莊、劉昌莊、漸口東、漸口西、四新、種口二、種口三、種口四、三官?gòu)R、后學(xué)北、后學(xué)南、南壩、南埠莊、蔣集河南、蔣集河北、恩莊、運(yùn)河、猛進(jìn)等39個(gè)行政村劃歸昭陽(yáng)街道辦事處管轄，辦事處機(jī)關(guān)駐三孔橋村。
微山縣轄2個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：夏鎮(zhèn)街道、昭陽(yáng)街道、韓莊鎮(zhèn)、歡城鎮(zhèn)、魯橋鎮(zhèn)、南陽(yáng)鎮(zhèn)、傅村鎮(zhèn)、留莊鎮(zhèn)、微山島鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)、趙廟鄉(xiāng)、兩城鄉(xiāng)、馬坡鄉(xiāng)、西平鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)。共4個(gè)居委會(huì)、523個(gè)村委會(huì)，553個(gè)自然村。總面積1779.8平方千米，總?cè)丝?95131人。（根據(jù)“濟(jì)寧地名網(wǎng)”，估計(jì)為2004年統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)）
2007年底，全縣總面積1779.8平方千米。總?cè)丝?0.64萬(wàn)人，人口城鎮(zhèn)化率38％。有少數(shù)民族30個(gè)，3200人。轄2個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)：夏鎮(zhèn)街道、昭陽(yáng)街道、韓莊鎮(zhèn)、歡城鎮(zhèn)、南陽(yáng)鎮(zhèn)、魯橋鎮(zhèn)、傅村鎮(zhèn)、留莊鎮(zhèn)、微山島鄉(xiāng)、兩城鄉(xiāng)、馬坡鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)、趙廟鄉(xiāng)、西平鄉(xiāng)，縣經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)，共有542個(gè)行政村（居委會(huì)）。
2010年，撤銷兩城鄉(xiāng)、馬坡鄉(xiāng)，設(shè)立兩城鎮(zhèn)、馬坡鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄2個(gè)街道、8個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)：夏鎮(zhèn)街道、昭陽(yáng)街道、韓莊鎮(zhèn)、歡城鎮(zhèn)、南陽(yáng)鎮(zhèn)、魯橋鎮(zhèn)、傅村鎮(zhèn)、留莊鎮(zhèn)、兩城鎮(zhèn)、馬坡鎮(zhèn)、微山島鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)、趙廟鄉(xiāng)、西平鄉(xiāng)、縣經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)。縣委、縣政府駐夏鎮(zhèn)街道。
2016年，全縣總面積達(dá)1780平方公里，人口總數(shù)72.35萬(wàn)人。全縣轄3個(gè)街道、11個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)：韓莊鎮(zhèn)、微山島鎮(zhèn)、昭陽(yáng)街道、夏鎮(zhèn)街道、傅村街道、歡城鎮(zhèn)、留莊鎮(zhèn)、魯橋鎮(zhèn)、兩城鎮(zhèn)、馬坡鎮(zhèn)、南陽(yáng)鎮(zhèn)、張樓鎮(zhèn)、西平鎮(zhèn)、趙廟鎮(zhèn)、高樓鄉(xiāng)、縣經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)。縣委、縣政府駐夏鎮(zhèn)街道。